E' arrivata anche in Italia la sotto-variante della Omicron chiamata BA.2: è altrettanto veloce nel diffondersi, ma non è ancora chiaro se sia meno aggressiva anche se - dice il direttore generale della Prevenzione del ministero della Salute, Giovanni Rezza - "non è molto diversa nelle caratteristiche da Omicron 1". Non è l'unica sorella: ci sono anche BA.1 e BA.3, come indicano le grandi banche dati che immagazzinano le sequenze del virus SarsCoV2, come NextStrain e Gisaid, tanto che alcuni esperti parlano di una "versione ipermutata" del virus SarsCoV2, come fa il fondatore dell'Istituto Scripps, Eric Topol. Per Tom Peacock, dell'Imperial College di Londra, "è improbabile che la BA.2 generi una nuova ondata": piuttosto potrebbe far increspare l'ondata attuale o rallentare la discesa della curva epidemica.
Delle tre versioni della Omicron, la BA.1 è la più diffusa: nei Paesi in cui è arrivata, ha rapidamente messo da parte le varianti preesistenti. E' accaduto anche in Italia, dove la Omicron ha sostituto la Delta e al 17 gennaio aveva una prevalenza stimata al 95,8% (con un margine di incertezza fra l'83% e il 100%) secondo l'indagine rapida condotta da Istituto superiore di sanità (Iss) e ministero della Salute, con i laboratori regionali e la Fondazione Bruno Kessler. Identificata a metà novembre in Sud Africa, Botswana e Hong Kong insieme al ceppo originario della famiglia Omicron (B.1.1.529), a metà dicembre la BA.2 è stata segnalata in India e poi nelle Filippine, Singapore e Giappone. Ha raggiunto l'Europa, dove le sequenze sono state identificate in alcuni Paesi scandinavi, fra i quali la Danimarca, in Gran Bretagna e in Germania. L'Italia è entrata adesso fra i Paesi nei quali la BA.2 è presente, con le due sequenze ottenute nel Laboratorio di Igiene del Policlinico San Martino di Genova.
"E' stata segnalata in 9 regioni", ha detto il presidente dell'Iss, Silvio Brusaferro, La ricostruzione delle sequenze da parte della banca dati Nexstrain indica che le tre varianti della famiglia Omicron sono diverse fra loro quanto la Omicron lo è rispetto alle altre varianti comparse finora, come Delta, Alfa o Beta. Quali conseguenze possa avere sull'andamento della pandemia un virus così mutevole non è al momento possibile dirlo; è chiaro solo che il virus SarsCoV2 ha una grande capacità di generare nuove varianti. I dati genetici indicano che la BA.1 è la sotto-variante più diffusa; BA.2 lo è un po' meno, ma in alcuni casi ha preso il sopravvento sulla BA.1: è accaduto in Danimarca, Nepal e Filippine, ma non in India e in Gran Bretagna; la BA.3 non è ancora diffusa, con qualche centinaio di sequenze finora depositate. I dati indicano poi che le tre sotto-varianti si sono separate dalla Omicron nel marzo 2021: prima sono comparse BA.1 (con 20 nuove mutazioni rispetto alla Omicron originale, 13 delle quali uniche) e la BA.2 (con 27 nuove mutazioni, 10 delle quali uniche e nessuna comuna alla BA.1); da BA.2 si è poi differenziata BA.3 (13 nuove mutazioni, 1 unica, 5 comuni alla BA.1 e 7 comuni alla BA.2)