Messo a punto un nuovo test low cost e più rapido per riconoscere le varianti del virus SarsCov2, inclusa la Delta. I risultati degli esperimenti di validazione della nuova metodica (COVseq) sono pubblicati su Nature Communications.
A svilupparla i ricercatori del Karolinska Institutet di Stoccolma e l'Istituto di Candiolo FPO-IRCCS e Ospedale Amedeo di Savoia di Torino, grazie ai fondi del 5x1000 dell'IRCCS Candiolo. Il test sarà utile anche per la mappatura del genoma dei tumori. Il test scova le nuove varianti in tempo reale, dimezzando i tempi di mappatura genomica oggi necessari e con costi ridotti.
Con COVseq "siamo in grado di sequenziare centinaia di campioni virali a settimana a un costo al di sotto di 15 euro a campione, notevolmente inferiore rispetto a quello delle metodiche attualmente disponibili - spiega Nicola Crosetto, primo autore della pubblicazione e coordinatore della ricerca -. COVseq consente l'analisi genetica in parallelo delle sequenze di più di un campione utilizzando volumi di reazioni molto piccoli, grazie a una particolare apparecchiatura già disponibile anche a Candiolo e una tecnica chiamata multiplex PCR per amplificare l'intero genoma virale. Successivamente - aggiunge - ogni campione viene 'taggato', cioè contrassegnato con un codice a barre molecolare, un'etichetta che lo distingue da tutti gli altri rendendolo univoco. Ciò rende possibile analizzare in tempi rapidi, e con costi contenuti, tantissime sequenze genomiche".
La metodica COVseq è già pienamente funzionante a Candiolo, dove la si sta ulteriormente validando, in parallelo a kit diagnostici approvati dall'Autorità, nell'ambito della sorveglianza genomica del SARS-CoV-2 che l'Istituto di Candiolo effettua settimanalmente per la Regione Piemonte e mensilmente per l'Istituto Superiore di Sanità.
Dunque, grazie a COVseq, rileva Antonino Sottile, direttore generale dell'Istituto di Candiolo FPO-IRCCS e co-autore dello studio, "abbiamo ora a disposizione uno strumento efficace e a basso costo per continuare la sorveglianza genomica nei prossimi mesi, cruciali al fine di intercettare tempestivamente la comparsa di nuove varianti virali nella popolazione già vaccinata, soprattutto nei soggetti fragili come i malati oncologici".
Dall'inizio della pandemia, migliaia di sequenze del genoma del virus SARS-CoV-2 responsabile della malattia Covid-19, sono state prodotte in tutto il mondo e messe a disposizione della comunità scientifica tramite la piattaforma GISAID. Questo sforzo ha consentito di indentificare tempestivamente la comparsa e la diffusione globale di nuove varianti virali dotate di maggiore trasmissibilità e patogenicità, quali le cosiddette varianti inglese, sudafricana, brasiliana e indiana, recentemente ribattezzate rispettivamente in Alpha, Beta, Gamma e Delta dall'Organizzazione Mondiale della Sanità. Ma per una sorveglianza globale del virus SARS-CoV-2, sottolineano gli autori dello studio, è fondamentale sviluppare nuove metodiche che consentano il sequenziamento di un elevato numero di campioni a costo contenuto.
Il nuovo test presenta inoltre un ulteriore vantaggio. Oltre al nuovo Coronavirus, COVseq può infatti essere facilmente adattato al sequenziamento di altri virus di rilevanza epidemiologica, oppure di virus che causano immunodepressione e possibile insorgenza di malattie ematologiche. Inoltre, tale metodica può essere utilizzata per il sequenziamento del DNA delle singole cellule che compongono il tumore per garantire terapie sempre più personalizzate e mirate. Pertanto, COVseq "rappresenta un nuovo importante strumento diagnostico a disposizione della sanità italiana", conclude Anna Sapino, direttore scientifico dell'Istituto di Candiolo FPO-IRCCS e co-autrice dello studio.
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